Крс комплекс: «УМК» удваивает надои. Компания построит комплекс на 8 тыс. голов КРС — Журнал «Агроинвестор» — Агроинвестор

Содержание

Капитальный ремонт скважин — Что такое Капитальный ремонт скважин?

Капитальный ремонт скважин – комплекс работ, связанный с восстановлением ее работоспособности


Капитальный ремонт скважин (Workover)- повторное проникновение в законченную скважину для проведения очистных и восстановительных работ.


Комплекс работ КРС включает:

  • восстановление работоспособности:
    • эксплуатационных колонн, 
    • цементного кольца, 
    • призабойной зоны пласта, 
  • ликвидация аварий, 
  • спуск и подъем оборудования для раздельной эксплуатации и закачки.


Это последовательность работ, направленных на восстановление цементного кольца, обсадочных колон, призабойной зоны.


В зависимости от объема работ, их характера и степени сложности капитальные ремонты подразделяются на 2 категории сложности:


Ко 2й категории также относят независимо от глубины скважины, все виды наиболее сложных и трудоемких работ:

  • ликвидация аварий и осложнений, 
  • исправление смятий или замена участков поврежденных обсадных колонн, 
  • проведение гидроразрыва пласта; 
  • работы в скважинах с сильными нефтегазопрявлениями; 
  • ремонты в наклонно-направленных скважинах; 
  • все виды ремонтно-изоляционных работ; 
  • все необходимые технологические неоднократные цементные заливки.


Единицей ремонтных работ является скважино-ремонт.


Это комплекс подготовительных, основных и заключительных работ, выполняемых на скважине от ее приема в ремонт до ввода в эксплуатацию.


Необходимость проведения работ по КРС основывается факторами:


  • Требованиями технологии рациональной разработки месторождения, залежи, пласта.


  • Возможностью получения дополнительной нефти при улучшении технико-экономических показателей.


  • Несоответствием конструкции скважины условиям эксплуатации и разработки месторождения.


  • Несоответствием дебита нефти, содержанием воды в продукции скважины и их изменений параметрам продуктивного пласта в нефтяных добывающих скважинах; приемистости, давления нагнетания в водонагнетаемых скважинах.


  • Возможностью повышения продуктивности скважин за счет увеличения проницаемости пласта в призабойной зоне.


  • Возникновением аварийных ситуаций, связанных со скважинным оборудованием, исследовательской аппаратурой и приборами.


Подготовка скважин к капитальному ремонту включает глушение скважины и закрытие устья.

В Шацком районе возводят комплекс на шесть тысяч голов крупного рогатого скота


Поле возле села Ольхи представляет собой большую строительную площадку. До конца 2019 года здесь на 220 гектарах построят животноводческий комплекс на 6 тысяч голов крупного рогатого скота.


– Генеральный подрядчик, ООО «Нива Строй», сейчас завершает нулевой цикл для доильно-молочного блока и одного из животноводческих корпусов, – комментирует начальник строительного участка Владимир Пономарев. – На строительстве задействованы 83 рабочих и 25 единиц техники. До декабря корпуса должны быть готовы.


Параллельно идет строительство очистных сооружений.  Два котлована под бетонные лагуны уже вырыли. Спешат строители завершить и силосную бетонированную площадку.


– По проекту предусмотрено строительство скважины и 5 водонапорных башен, а также трех электрических трансформаторных подстанций, – продолжает начальник участка. – Скважину уже пробурили на 167 метров, строительством одной из подстанций займемся в ближайшее время.


Проект, который осуществляет агрохолдинг «Эко Нива», уникальный, чуть ли не единственный в России. Поэтому и размах соответствующий. Для обеспечения стройки бетоном в селе Кулики специально смонтирован мобильный бетонный завод.


– Завод может выпускать до 60 кубометров бетона в час, – отмечает начальник участка ООО «Витолан» Юрий Шматков. – Пока же работаем на заказ. На строительство животноводческого комплекса уже поставили 1300 кубометров бетона. По мере того как завершится нулевой цикл и строители приступят к заливке фундамента, объемы увеличим. На стройку планируем поставить 100 тысяч кубометров бетона. Его будем доставлять и на заливку лагун под очистные сооружения, и на строительство бетонной площадки под заготовку кормов.


В декабре из Европы на животноводческий комплекс уже планируют завести первую тысячу животных. Поэтому у строителей сейчас каждый день на счету. Лишь бы погода не подвела.

Нодулярный дерматит крупного рогатого скота

Нодулярный дерматит крупного рогатого скота (кожная бугорчатка, кожно-узелковая сыпь, узелковая экзантема) — инфекционная болезнь крупного рогатого скота, сопровождающаяся лихорадкой, отеком подкожной соединительной ткани и органов, образованием кожных узлов, поражением глаз, слизистой оболочки дыхательного и пищеварительного трактов.

Вирус нодулярного дерматита крупного рогатого скота обладает выраженным тропизмом к эпителиальным клеткам кожи, слизистой оболочки органов дыхания и пищеварения. Воротами инфекции являются: кожа, слизистые оболочки органов дыхания и пищеварения, конъюнктива глаз, из которых вирус переносится по лимфатическим сосудам в лимфатические узлы, там размножается и с током крови разносится по организму, вызывая специфические узелковые поражения. Вирусемия длиться в течение 1–2 недель, при этом происходит выделение вируса во внешнюю среду с выдыхаемым воздухом, слюной, спермой, молоком, истечениями из носа и глаз, экссудатами, а также при поражениях кожи и слизистых оболочек.

Источником инфекции являются больные животные, переболевшие и скрытие носители. Распространение вируса происходит при перемещении больных животных.

Для профилактики вируса нодулярного дерматита проводят иммунизацию крупного рогатого скота с применением вакцин. Иммунитет длится 1 год.

В 2015 году вирус нодулярного дерматита крупного рогатого скота впервые зарегистрирован на территории России!

В 2016 году на территории России зарегистрирована 251 вспышка нодулярного дерматита крупного рогатого скота!

Неблагополучие фиксировали в десяти регионах Северо-Кавказского и Южного Федеральных округов, в том числе Республике Дагестан, Республике Калмыкия, Краснодарском крае, Астраханской области, Чеченской Республике, Ставропольском крае, Волгоградской области, Республике Ингушетия, Ростовской области, Карачаево-Черкесской республике.

В связи с угрозой широкого распространения по территории России нового вируса, в целях сохранения эпизоотического благополучия территории Санкт‑Петербурга по данной болезни лицам, осуществляющим содержание крупного рогатого скота на территории города, необходимо выполнять комплекс следующих мероприятий:

  • при наличии и приобретении крупного рогатого скота производить его регистрацию в ветеринарных станциях тех районов Санкт‑Петербурга, где осуществляется содержание животных;
  • при приобретении и ввозе в Санкт‑Петербург поголовья крупного рогатого скота из других регионов России согласовывать перевозку животных с государственной ветеринарной службой Санкт‑Петербурга;
  • осуществлять перевозку крупного рогатого скота только при наличии ветеринарных сопроводительных документов;
  • всех вновь поступивших животных содержать изолированно в течение 30 дней, выполнять требования специалистов государственной ветеринарной службы при проведении мероприятий по карантинированию животных;
  • своевременно информировать государственную ветеринарную службу обо всех случаях заболевания крупного рогатого скота, в том числе при подозрении на нодулярный дерматит (телефоны: 527-50-43, 527-09-46, 717-52-10).

АО «Московское» по племенной работе

Премиальная генетика

— традиционное семя, самый широкий выбор быков-производителей, оценённых геномно- и по качеству потомства, происходящих от элиты мирового молочного животноводства;

— сексированное семя быков-производителей от компаний – лидеров отрасли, с лучшими показателями по оплодотворяемости и выходу телок;

— элитные эмбрионы крупного рогатого скота и полный комплекс услуг по их трансплантации.

Высокое качество биопродукции

— качество спермапродукции подтвержденное ГОСТ 26030-2015, максимальное количество подвижных сперматозоидов – гарантированный результат стельности;

— до 40 млн. сперматозоидов в дозе;

— более 15 млн. активных сперматозоидов;

— исключительная ветеринарная безопасность;

— самое современное оборудование премиум-класса для фасовки семени;

— новейшие среды для разбавления – отличная сохранность, высокая оплодотворяемость.

Сопровождение – племенной, селекционной работы и воспроизводства стада

— индивидуальный и групповой подбор производителей к маточному поголовью с учётом необходимых признаков селекции и снижения негативных факторов инбридинга;

— оценка экстерьера поголовья коров и телок, анализ направления селекции с практическими рекомендациями;

— подготовка и составление плана племенной работы сельхозпредприятия;

— консультации по проведению бонитировки, составлению племенной и зоотехнической документации;

— выдача (перевод, подтверждение) племенных сертификатов (свидетельств), в том числе на импортный племенной скот;

— сопровождение и поддержка программного комплекса «СЕЛЭКС»;

— аудит стада крупного рогатого скота по вопросам воспроизводства с выездом специалистов;

— проведение обучающих семинаров по наиболее важным вопросам (воспроизводство, селекция (генетика), искусственное осеменение).

Доставка племенной продукции и особые условия

— доставка семени, расходных материалов и жидкого азота до каждого пункта искусственного осеменения;

— гибкая система скидок на племенной товар;

— рассрочка платежа.

Н.В.

Уважаемый Иван Николаевич!
Выражаем Вам искреннюю признательность за помощь В подготовке и проведении мероприятий, посвященных…

Строительство сельскохозяйственных зданий: зернохранилища, овощехранилища, фруктохранилища

Для составления предварительного предложения просим Вас заполнить опросный лист

Телефоны в Москве: +7 (495) 944-7244, (499) 735-5207

Мы предлагаем готовый проект сельскохозяйственного здания — животноводческого комплекса для крупного рогатого скота.

Если вы хотите построить новую молочную ферму или реконструировать старую, всё начинается с дизайна и проекта здания фермы. Особенно если речь идёт о комфортабельном размещении и свободном перемещении крупного рогатого скота в коровнике, нужно учесть технологию содержания, то есть обратить внимание на движение животных в коровнике, раположение поилок и т.д.

Для составления предварительного предложения просим Вас заполнить опросный лист по техническому обеспечению коровников. Его можно скачать в формате Word, заполнить и прислать нам на [email protected] или по-факсу 944-7244.

Проектирование сельскохозяйственных зданий производится совместно с компанией ПСК «Канопус-М», которой за последние два года выполнены следующие проекты животноводческих комплексов:

  • две молочные фермы на 2000 голов КРС в Рязанском и Пронском районах Рязанской области;
  • животноводческий комплекс по выращиванию и откорму свиней на 2400 свиноматок в Брянской области;
  • два производственных свинокомплекса на 4800 свиноматок каждый в Лев-Толстовском районе Липецкой области;
  • свинокомплекс на 300 свиноматок в Талдомском районе МО;
  • комплекс по производству молока на 1200 голов КРС, комплекс по выращиванию и откорму КРС на 3000 голов в Брянской области;
  • животноводческий комплекс КРС на 800 голов в Подольском районе МО;
  • четыре животноводческих комплекса по производству молока на 1200 дойных коров в Липецкой области;
  • животноводческий комплекс по выращиванию и откорму свиней на 630 свиноматок в Тульской области;
  • два свинокомплекса на 4800 свиноматок и племенный компекс на 2400 свиноматок в Самарской области;
  • два свинокомплекса на 4800 свиноматок каждый, племенный компекс на 2400 свиноматок, СИО на 109 хряков в Саратовской области;
  • свинокомплекс на 6500 свиноматок в Ставропольском крае.

Внешний вид коровника

Характеристики

Размеры:

Коровник на 500 голов имеет размеры по осям в плане: 126 000 х 31 600 и высоту в коньке 10,584 м

Температурные условия эксплуатации:

Оптимальная температура внутри +6ºС

Коровник включает в себя:

  • Каркас коровника металлический.
  • Кровля утеплённая с уклоном 22º с открытым аэроционным фонарём в коньке с холодным покрытием.
  • Стены из панелей типа «Сэндвич» толщиной 75 мм.
  • Фундамент — буронабивные сваи по монолитному ростверку.
  • Полы бетонные с перепадами 200 мм.
  • Коровник имеет четверо ворот по каждому торцу с заполнением панелями типа «Сэндвич»
  • Заполнение оконных проёмов — металлопластиковые окна с открывающимися окнами вовнутрь с противомоскитными сетками.

Монтаж первого коровника:

В деревне Голицино Республики Мордовия закончен монтаж первого коровника на 500 голов крупного рогатого скота для животноводческого комплекса на 1000 голов из металлоконструкций и сэндвич-панелей производства Алатырского завода низкотемпературных холодильников.
Заключен контракт на постройку второй очереди (для животноводческого комплекса требуется 4 сельскохозяйственных здания).

Коровник для крупного рогатого скота на 500 голов в деревне Голицино Республики Мордовия для животноводческого комплекса на 1000 голов

ООО «АЗНХ групп» предлагает индивидуальные комплексные решения по проектированию, изготовлению и строительству различных производственных и сельскохозяйственных зданий по вашему заказу.

Крупный рогатый скот | Министерство сельского хозяйства и рыбной промышленности Астраханской области

В регионе развивается мясное и молочное скотоводство, включающее в себя отрасли по производству мяса и молока всех видов, их первичной и глубокой переработке, логистику, регулирование мясного и молочного рынков. На сегодняшний день поголовье крупного рогатого скота составляет 278,6 тыс. голов, в том числе коров 146,3 тыс. голов.

 Мясное скотоводство включающее в себя отрасли по производству мяса, его первичной и глубокой переработке, логистику и регулирование мясного рынка является одной из основных составляющих агропромышленного комплекса по своему значению для снабжениянаселения области мясом.

В настоящее время численность поголовья  высокопродуктивного мясного скота составляет около  90 тыс. голов, в том числе коров 40 тыс. голов.

Ежегодное производство говядины составляет порядка 40 тыс. тонн.

В области осуществляют свою деятельность семь племенных репродукторов по разведению крупного рогатого скота калмыцкой породы (ООО «Курбет» Володарский район, СХК «Никольский» Енотаевский район,  ООО ПКФ «Дружба» Камызякский район, ООО КХ «Беляна-2», ООО «Лебедь» Лиманский район, ООО «Астраханские племенные ресурсы», К(Ф)Х «Чапчачи Наримановский район) и один племенной репродуктор по разведению крупного рогатого скота казахской белоголовой породы (К(Ф)Х «Шапиевой Н.Ш.» Приволжский район»).

 Ежегодно сельхозтоваропроизводителями региона приобретается порядка 1000 голов высокопродуктивного скота мясного направления калмыцкой, казахской белоголовой, абердин-ангусской и герефордской пород.

Среди пород мясного направления, разводимых в регионе, калмыцкая порода занимает первое место по численности. Это определяется ее уникальными качествами.Скот формировался и совершенствовался в условиях сурового, резко континентального климата, преимущественно кочевого и пастбищного содержания, под воздействием, в основном, естественного и частично искусственного отбора.

Молоко и молочная продукция занимают значительную часть в рационе питания людей и относятся к товарам первой необходимости, стабильное обеспечение которыми является важным условием достижения продовольственной безопасности.

Молочное скотоводство в Астраханской области является значимой и наиболее сложной из важнейших подотраслей животноводства, его развитие имеет важное значение не только в обеспечении продовольственной безопасности региона, но и в социальном аспекте.

В области численность поголовья крупного рогатого скота составляет порядка 300 тыс. голов, в том числе коров около150 тыс. голов.

Молочное скотоводство представлено голштинской, красно — пестрой и симментальской породами. Ведущей породой является симментальская, удельный вес которой в общей численности составляет 76%.

Ежегодно с использованием государственной поддержки сельхозтоваропроизводителями региона приобретается высокопродуктивное племенное поголовье нетелей  молочного направления в количестве не менее 200 голов.

Рейтинг ТОП-15 крупнейших животноводческих хозяйств РФ по поголовью КРС

МестоНазвание предприятияМесторасположение предприятияОбщее поголовье КРС
1АПХ «Мираторг»Воронежская, Белгородская, Тульская области840 000
2ООО «ЭкоНиваАгро»Воронежская область, Лискинский район203 300
3 АО фирма «Агрокомплекс им. Н.И. Ткачева»Краснодарский край, Выселковский район104 000
4Холдинговая компания «Ак Барс»Республика Татарстан, г. Казань98 000
5«Красный Восток»Республика Татарстан72 000
6ООО «Заречное»Воронежская область, Каменский, Ольховатский, Подгоренский, Рамонский районы70 000
7Холдинг «Агросила»Республика Татарстан42 000
8«Русская молочная компания» 28 400
9ГК «Молвест»Воронежская область28 000
10ЗАО «Кировмолкомбинат»Кировская область25 700
11СПК «Племенной завод «Детскосельский»Ленинградская, Воронежская области25 000
12Агрохолдинг «Кабош»Псковская область22 000
13ООО «ПЗ «Барыбино» (Группа компаний «Коалко-Агро»)Московская область, городской округ Домодедово15 100
14«Русская Аграрная Группа»Рязанская область, г. Рязань13 200
15Агрохолдинг «Степь»Краснодарский край, Ростов-на-дону12 300

Животноводческий комплекс (Антропология)

Термин «комплекс крупного рогатого скота» происходит от докторской диссертации Мелвилла Херсковица, которую американский антрополог назвал «Комплекс крупного рогатого скота в Восточной Африке». Херсковиц адаптировал метод, разработанный Кларком Висслером и другими, который стремился классифицировать различные культуры американских индейцев в соответствии с комплексом черт, которые каждая демонстрирует, чтобы понять распространение и смешение этих черт и составить карту областей, в которых они были обнаружены. .Этот метод основан на попытках навести порядок в размещении музейных экспонатов, но при этом равное значение придается мифам, церемониям и «психологическим элементам». Утверждалось, что культурная черта не статична и, перемещаясь из одного региона в другой, может часто изменять как свою форму, так и свою функцию, так что становится почти неузнаваемой; Итак, чтобы как изолировать, так и классифицировать его, каждый должен быть изучен сравнительно и контекстуально как часть культурно интегрированного кластера или «комплекса».Херсковиц продолжал расширять концепцию.

Само по себе животноводство, , как бы экономически оно ни было важно, было недостаточно для включения в «животноводческий комплекс». Крупный рогатый скот, прежде всего, должен был придать смысл жизни людей; быть их утешением и страстью, а также источником образов, выражающих их социальную и творческую жизнь. Скот, который дает молоко, должен быть забит только для того, чтобы отметить великие переходные события жизни, от рождения до последнего погребального обряда.Крупный рогатый скот был известен по своим индивидуальным признакам. Погоня за скотом в соответствии с установленными конвенциями была повсеместной. Особая честь, оказываемая скоту, часто создавала как простую и скудную систему существования, основанную на выращивании сельскохозяйственных культур, в которой большую часть работы выполняли женщины, так и систему престижа, основанную на владении скотом, ограниченном только мужчинами. Наиболее устойчивые социальные отношения были опосредованы ссудой, подарком или обменом скота. Брак требовал их передачи в виде выкупа. Бездомный человек не мог пользоваться ни социальным положением, ни уважением.В некоторых обществах, таких как Руанда, владение скотом было источником политической власти и прерогативой правителей. Предполагалось, что «животноводческий комплекс» перекрывает предшествующие ему сельскохозяйственные культуры.

Используя «комплекс крупного рогатого скота» в качестве критерия, Херсковиц определил границы восточноафриканского ареала скота, простирающегося от Нилотского Судана через Великие озера до мыса: исключая скотоводческие народы Восточного Рога, но включая, как продолжение, скотоводов. юго-западной Анголы.

То, что Люси Мэйр (1985) назвала этим «тлеющим клише», мало повлияло на антропологическую мысль. К сожалению, некоторые белые поселенцы в Кении неправильно использовали его, чтобы предположить, что африканцы страдали комплексом в отношении крупного рогатого скота, как некоторые люди — комплексом неполноценности. Эта покровительственная перемена смысла привела к тому, что некоторые африканцы и некоторые специалисты по развитию, которые никогда не читали Херсковица, обвиняли антропологов в культурном высокомерии и искажении.Это иронично, потому что Херсковиц был единственным антропологом, приглашенным Кваме Нкрумой в качестве почетного гостя на празднование Дня независимости Ганы.

Являются ли гнили у гетерозиготного (Pp) скота сложным количественным признаком? | Genetics Selection Evolution

Тщательный осмотр и пальпация 885 голштино-фризских черепов выявили большое разнообразие фенотипов рогов, которые варьировались от гладко оперенных животных до лобных бугорков, струпьев, царапин длиной до 10 см и, наконец, до нормальных рогов.Большая часть (42%) животных в нашем наборе данных имела небольшие лобные бугорки или лобные бугорки, и, согласно отчетам опытных сотрудников немецких племенных ассоциаций, большинство корочек и царапин возникают на ранее развившихся лобных бугорках. Поэтому мы предположили, что шишка на лбу — это предвестник рубца. Однако из-за преждевременной выбраковки или неизвестных факторов окружающей среды некоторые лобные неровности никогда не превратятся в царапины.

Со времени первого исследования, в котором сообщалось о развитии рубцов [40], несколько авторов описали фенотипы рубцов и рогов у различных пород крупного рогатого скота и распределили их по частично неоднозначным категориям.Например, в 1952 г. Уильямс и Вильямс [41] разделили наблюдаемые фенотипы на шесть категорий, хотя и упоминали, что «вовлеченные фенотипы образуют почти непрерывный ряд». В дополнение к фенотипам, которые мы описали здесь, в литературе упоминаются еще два фенотипа: (i) царапины, которые частично срослись с лобной костью и поэтому довольно прочно прикреплены к черепу, были зарегистрированы у пород шароле и ангус. [7, 14], и (ii) изуродованные рога, которые описываются как смятые рога, встречающиеся только у самок, были обнаружены у опрошенного крупного рогатого скота герефордской породы [41].Поскольку наши данные касаются крупного рогатого скота голштино-фризской породы, эти два фенотипа в нашем исследовании не наблюдались.

Принятая в настоящее время модель наследования рогов и царапин, которая описана во введении и резюмируется в базе данных OMIA (OMIA 000483-9913), была предложена до того, как ДНК была даже идентифицирована как носитель генетической информации, т.е. возможно точно определить лежащие в основе опрошенные генотипы. Это объясняет, что на сегодняшний день сообщается о нескольких несоответствиях с этой моделью [7, 22, 23].Кроме того, используя больший набор данных, мы подтверждаем результаты недавних исследований, которые предполагают, что у гомозиготных опрошенных животных, возможно, никогда не было полностью развившихся рубцов [22, 23]. Тем не менее, мы наблюдали небольшие лобные шишки или лобные шишки, которые, как мы предполагаем, являются предвестниками царапин, у 28% гомозиготных опрошенных животных. Более того, фенотипическое распределение наших данных подтверждает гипотезу о том, что царапины являются признаком, зависящим от пола, поскольку царапины значительно более распространены у мужчин P / p , чем у женщин P / p (61% vs.10%), а рубцы у самцов в среднем больше, чем у самок. Похоже, что рубцы развиваются в более позднем возрасте, чем рога [7], и неясно, возникают ли они у женщин позже, чем у мужчин. Однако, по нашим данным, самые молодые особи с рубцами были в возрасте шести месяцев и принадлежали к обоим полам.

Сегрегация аллелей P C и P F у крупного рогатого скота голштино-фризской породы 885 обеспечивает дальнейшее понимание возможного взаимодействия между опрошенным аллелем и развитием скоров.Согласно нашему набору данных, аллель P F подавляет развитие царапин более эффективно (P <3,27 × 10 -7 ), чем аллель P C .

Фенотипы, которые регулярно регистрируются племенными ассоциациями, легко доступны, но во время пилотного проекта мы отметили, что у некоторых животных, зарегистрированных как плавно опрошенные при разрешении на разведение, с возрастом появлялись регулярные рубцы. Более того, такое рутинное фенотипирование несколькими исследователями может страдать из-за отсутствия стандартизации.Это подчеркивает необходимость стандартизированного фенотипирования и регистрации возраста при фенотипировании. Зависимая от возраста пенетрантность — хорошо известная проблема при картировании генетических признаков, которые не проявляются при рождении, но развиваются только в более позднем возрасте [42, 43]. Более того, лобные бугорки могут оставаться незамеченными, и такая неправильная классификация во время фенотипирования может быть другой причиной того, что мало исследований генетической архитектуры рубцов и рогов [41]. Наконец, прямой генный тест на предмет опроса стал доступен только недавно, и, в отличие от нашего исследования, точные генотипы на основе опроса не были доступны в большинстве предыдущих.{- 1} \) переменного размера для позиции (\ (i \)) вдоль генома. Для полногеномного картирования с размером окна 40 SNP мы оценили 653 668 матриц \ ({\ mathbf {D}} _ {{{\ text {RM}} _ {i}}} \), инвертировали их и выполнили такое же количество дисперсионных анализов по ASReml [35]. По мере увеличения размера окна количество матриц и дисперсионных анализов оставалось прежним, но размер матриц увеличивался. Затраты на вычисления являются экспоненциальной функцией размера матрицы, которая зависит от длины рассматриваемого гаплотипа (размера окна) и от разнообразия гаплотипов в популяции картографии.Наши результаты предполагают, что сканирование QTL по всему геному с более коротким окном (например, 20 SNP) и последующее подтверждение значимого и показательного QTL с более длинным окном могут быть хорошим компромиссом, особенно для больших популяций картирования.

Согласно собранным данным и ранее опубликованным результатам [7, 22, 24, 44], генетическая основа фенотипа scurs сложна и зависит от генотипа опроса, включая аллельную гетерогенность ( P C / P C , P F / P F , P C / P F , P C / p , P F / p ), а также пол и возраст людей при фенотипировании.Однако, рассматривая исходную гипотезу о том, что царапина является моногенным качественным признаком, мы выполнили двоичное кодирование статуса рога (BC1). Чтобы максимально исключить какой-либо источник шума, мы проанализировали только гетерозиготных самок P F / p . Как обсуждалось выше, мы рассматриваем лобные неровности как предшественники царапин, и, таким образом, первое двоичное кодирование (BC1) помещает лобные неровности, царапины и царапины в один и тот же класс. Однако у животных, классифицируемых как «небольшие лобные бугорки» или «лобные бугорки», на выпуклостях в области рогов отсутствует кератиновый слой.Таким образом, второе двоичное кодирование (BC2) относит к первому классу «гладкошерстный», «мелкие лобные бугорки» и «лобные бугорки», а также животных с ороговением кожи в области рогов (от «струпьев» до крупных «царапин»). ») Во второй класс. Эти два бинарных признака (BC1 и BC2) и два непрерывно кодированных признака (CC и CCL) были проанализированы. Оценки наследуемости SNP были довольно высокими для всех кодировок фенотипов (см. Дополнительный файл 2: Таблица S1). Оценка фенотипической дисперсии, объясняемой всеми SNP, зависит от базового набора данных.Животные в наборе данных этого исследования были напрямую отобраны в соответствии с их фенотипом рогов. Следовательно, предполагаемая наследуемость не является оценкой для всей популяции. По сравнению с CC и CCL двоичное кодирование BC2 и BC1 имело самую низкую и вторую низшую наследуемость SNP, соответственно. Результаты анализа мощности (см. Дополнительный файл 2: Таблица S3) согласуются с этим выводом и демонстрируют, что два дизайна с непрерывно кодируемыми фенотипами являются наиболее подходящими для обнаружения предполагаемого QTL, участвующего в возникновении рубцов.Принимая во внимание эти результаты и полевые наблюдения, нельзя считать, что фронтальные неровности так плавно опрашиваются, как это было сделано в кодировке BC2. Следовательно, это кодирование не использовалось в дальнейшем при анализе картирования, и мы рекомендуем точную регистрацию лобных бугорков и возраста фенотипирования для будущих исследований картирования царапин. CLDLA обоих непрерывно кодируемых признаков CC и CCL дала аналогичные результаты с общегеномными значимыми (BTA5 и BTA12) и предполагающими (BTA16, BTA18 и BTA23) сигналами, картированными в одних и тех же областях.Напротив, результаты картирования BC1 не совпадали с результатами CC и CCL. И MLMA, и cLDLA рассмотрели подход LOCO и оценку компонента дисперсии, и оба показали серьезные проблемы сходимости с BC1, но не с CC и CCL фенотипическим кодированием. Эти проблемы сходимости, скорее всего, являются причиной полного отказа MLMA и зашумленных сигналов LRT cLDLA для признака двоично-кодированных пятен. В общем, это не относится к бинарным признакам, т.е. MLMA и cLDLA были успешно применены для точного картирования и последующего выявления причинных мутаций для рецессивных [45] и доминантных [18] признаков.Более того, оба подхода также успешно использовались для очень значимого картирования полигенных признаков, таких как легкость отела [46], которая напоминает CC по кодированию (пять категорий) и количественному характеру. Взятые вместе, наши результаты показывают, что двоичное кодирование, как BC1, так и BC2, является неподходящим упрощением количественного признака с возрастной пенетрантностью.

Наш хорошо структурированный дизайн (одна порода, один пол, один опросный генотип, один опросный аллель и зарегистрированный возраст фенотипирования) привел к картированию четырех значимых для всего генома локусов, которые влияют на развитие царапин.Аннотации содержания генов и последующий анализ обогащения набора генов обнаруженных регионов (см. Дополнительный файл 2: Таблица S4) показали, что ни одна онтология MGI Mammalian Phenotype level 4 (MMP4) не была значительно обогащена после поправки на множественное тестирование (скорректированный P <0,05) , вероятно, из-за небольшого размера набора данных. Тем не менее, мы рассмотрели 53 MMP4 с необработанным значением P ниже 0,05, чтобы идентифицировать предполагаемые гены-кандидаты. Среди них мы наблюдали 13 онтологий, связанных с развитием костей, 14 - с системой крови и 7 - с нервной системой.Особенно важны два гена: SUCO и ARHGAP33 , которые составляют большинство онтологий, связанных с развитием костей и нервной системой, соответственно. SUCO кодирует домен SUN, содержащий фактор оссификации (BTA16), который является важным белком для нормальной функции остеобластов [47]. У мышей мутация в этом гене вызывает широкие черепные швы, тонкий нейрокраниум и серьезные дефекты скелета. ARHGAP33 (BTA18) кодирует мультиадапторный белок RhoGAP отростка нейритов, который участвует в регуляции ветвления дендритов во время развития коры головного мозга [48].Интересно, что Wang et al. [13] только совсем недавно подчеркнули важную роль генов, которые участвуют в развитии нервной системы и в миграции и дифференцировке клеток нервного гребня, в дифференцировке роговых зачатков.

Взятые вместе, эти находки предполагают, что фенотип scurs и его генетический фон являются более сложными, чем предполагалось ранее, и у нас есть серьезные сомнения в отношении моногенетического способа наследования. Чрезмерно упрощенная гипотеза о двуаллельном локусе horn и scurs далека от современных знаний о скоординированном действии генных сетей во время эмбриогенеза и дифференцировки тканей, создающих органы (например,грамм. [13]), но эта гипотеза по-прежнему частично направляет наши планы построения карт. Одно из возможных объяснений может заключаться в том, что фенотип вызван ограниченным числом эпистатических эффектов между опрошенным локусом и несколькими, пока не нанесенными на карту локусами, которые ответственны за царапины, которые являются частью дополнительного генома. Пангеномный анализ был бы вариантом (см. [13]) для исследования этой гипотезы, но материала и методологии, доступных для нашего исследования, недостаточно для такого анализа. Принимая во внимание наши результаты, мы предполагаем, что на интенсивность и ход развития рогов и царапин влияют несколько генов развития рогов и факторы окружающей среды.Возможно, что различные варианты в локусе polled могут усиливать транскрипцию трансрегуляторных РНК, которые нацелены на гены, участвующие в развитии рогов. Таким образом, эти гены будут подавлены или даже полностью нокаутированы. В зависимости от степени подавления у пораженных животных могут появиться царапины, струпья или неровности, или они могут быть гладко опущены. Наличие двух опрошенных аллелей полностью подавляет развитие рогов и царапин. Однако, если присутствует только один опрашиваемый аллель, интенсивность этого подавления зависит от таких факторов, как пол, возраст, опрашиваемый аллель и генетическая изменчивость в нескольких генах развития рогов , которые могут быть понижены и активированы в различной степени в зависимости от некоторые аллели размещены в разных локусах сети.

Наши исследования демонстрируют сложность наследования рогов. Наши результаты предполагают довольно сложную сеть из нескольких взаимодействующих генов вместо ранее принятой модели с четырьмя локусами. Исследования генетического фона специфических фенотипов рогов могут дать дальнейшее понимание генов, которые участвуют в развитии рогов (например, [12, 24]). Более того, следующим шагом к изучению генетической архитектуры развития рогов может стать разработка схемы картирования рогатых животных, т.е.грамм. для которых длина и диаметр рога необработанных pp животных, которые в идеале уже были бы генотипированы с помощью чипа SNP, используемого для рутинных целей (геномная селекция), измеряются в сопоставимых возрастах (например, на рынках телят).

Геномный ландшафт аборигенного африканского скота | Геномная биология

  • 1.

    Schneider HK. Пищевая роль крупного рогатого скота у пакот и в Восточной Африке. Am Anthropol. 1957; 59: 278–300.

    Артикул

    Google ученый

  • 2.

    di Lernia S, Tafuri MA, Gallinaro M, Alhaique F, Balasse M, Cavorsi L, et al. Внутри «комплекса африканского скота»: захоронения животных в центральной Сахаре в голоцене. PLoS One. 2013; 8: e56879.

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 3.

    Херсковиц М.Дж. Комплекс крупного рогатого скота в Восточной Африке *. Am Anthropol. 1926; 28: 230–72.

    Артикул

    Google ученый

  • 4.

    Брэдли Д., МакХью Д., Лофтус Р., Соу Р., Хост С., Каннингем Э. Вариации зебу-таурина в Y-хромосомной ДНК: чувствительный анализ генетической интрогрессии в западноафриканских популяциях трипанотолерантного крупного рогатого скота. Anim Genet. 1994; 25: 7–12.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 5.

    Фриман А., Меген С., Мачью Д., Лофтус Р., Ачукви М., Бадо А. и др. Примесь и разнообразие популяций крупного рогатого скота в Западной Африке. Mol Ecol.2004; 13: 3477–87.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 6.

    Ханотт О., Брэдли Д.Г., Очиенг Дж. У., Верджи Ю., Хилл Е. В., Реге Дж. Э. Африканское скотоводство: генетические отпечатки происхождения и миграции. Наука. 2002; 296: 336–9.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 7.

    Реге Дж., Ханотте О., Мамо Й., Асрат Б., Десси Т. Информационная система по генетическим ресурсам домашних животных (ДАГРИС).Аддис-Абеба: Международный научно-исследовательский институт животноводства; 2007.

    Google ученый

  • 8.

    Mwai O, Hanotte O, Kwon Y-J, Cho S. Африканский коренной скот: уникальные генетические ресурсы в быстро меняющемся мире. Азиатский Австралийский J Anim Sci. 2015; 28: 911.

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 9.

    Bonfiglio S, Ginja C, De Gaetano A, Achilli A, Olivieri A, Colli L, et al.Происхождение и распространение Bos taurus: новые ключи к разгадке митохондриальных геномов, принадлежащих к гаплогруппе T1. PLoS One. 2012; 7: e38601.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 10.

    Decker JE, McKay SD, Rolf MM, Kim J, Alcalá AM, Sonstegard TS, et al. Мировые закономерности происхождения, расхождения и смешения домашних животных. PLoS Genet. 2014; 10: e1004254.

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 11.

    Jahnke HE, Jahnke HE. Системы животноводства и развитие животноводства в тропической Африке. Киль: Kieler Wissenschaftsverlag Vauk; 1982.

    Google ученый

  • 12.

    Мюррей М., Моррисон В., Уайтлоу Д. Восприимчивость хозяев к африканскому трипаносомозу: трипанотолерантность. Adv Parasitol. 1982; 21: 1–68.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 13.

    Menjo D, Bebe B, Okeyo A, Ojango J.Выживание телок голштино-фризской породы на коммерческих молочных фермах в Кении. Appl Anim Husb Rural Dev. 2009; 2: 14–7.

    Google ученый

  • 14.

    Ханотт О., Десси Т., Кемп С. Пора исследовать геномы домашнего скота Африки. Наука (Вашингтон). 2010; 328: 1640–1.

    CAS
    Статья

    Google ученый

  • 15.

    Langmead B, Salzberg SL. Быстрое выравнивание с пропуском чтения с Bowtie 2.Нат методы. 2012; 9: 357–9.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 16.

    Canavez FC, Luche DD, Stothard P, Leite KR, Sousa-Canavez JM, Plastow G, et al. Последовательность генома и сборка Bos indicus. J Hered. 2012; 103: 342–8.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 17.

    Маккенна А., Ханна М., Бэнкс Е., Сиваченко А., Цибульскис К., Керницкий А. и др.Набор инструментов для анализа генома: платформа MapReduce для анализа данных секвенирования ДНК следующего поколения. Genome Res. 2010; 20: 1297–303.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 18.

    Cingolani P, Patel VM, Coon M, Nguyen T., Land SJ, Ruden DM, et al. Использование Drosophila melanogaster в качестве модели для исследований генотоксических химических мутаций с помощью новой программы. SnpSift Front Genet. 2012; 3:35.

    PubMed

    Google ученый

  • 19.

    Nei M, Li W-H. Математическая модель для изучения генетической изменчивости с точки зрения эндонуклеаз рестрикции. Proc Natl Acad Sci. 1979; 76: 5269–73.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 20.

    д’Итерен Г., Оти Э., Виссок Н., Мюррей М. Трипанотолерантность, вариант устойчивого животноводства в районах, подверженных риску заражения трипаносомозом. Rev Sci Tech (Международное бюро эпизоотий). 1998. 17: 154–75.

    Артикул

    Google ученый

  • 21.

    Choi J-W, Lee K-T, Liao X, Stothard P, An H-S, Ahn S, et al. Вариация числа копий по всему геному у крупного рогатого скота ханьу, черных ангусов и голштинских коров. Мамм Геном. 2013; 24: 151–63.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 22.

    Прайс А.Л., Паттерсон Н.Дж., Пленге Р.М., Вайнблатт М.Э., Шадик Н.А., Райх Д. Анализ основных компонентов корректирует стратификацию в исследованиях полногеномных ассоциаций.Нат Жене. 2006; 38: 904–9.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 23.

    Hubisz MJ, Falush D, Stephens M, Pritchard JK. Выявление слабой структуры населения с помощью информации о группах выборки. Мол Экол Ресур. 2009; 9: 1322–32.

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 24.

    Эванно Г., Регнаут С., Гудет Дж. Определение количества групп людей с помощью программного обеспечения СТРУКТУРА: исследование моделирования.Mol Ecol. 2005; 14: 2611–20.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 25.

    Бойтар С., Родригес В., Джей Ф., Мона С., Аустерлиц Ф. Выведение истории размера популяции из больших выборок молекулярных данных по всему геному — приближенный подход байесовских вычислений. PLoS Genet. 2016; 12: e1005877.

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 26.

    Уильямсон Дж., Пейн WJA. Введение в животноводство в тропиках . Лондон, Нью-Йорк: Лонгман; 1978

  • 27.

    Готье М., Флори Л., Риблер А., Яффрезик Ф., Лалоэ Д., Гут I и др. Байесовское сканирование всего генома на предмет адаптивного генетического расхождения у западноафриканского крупного рогатого скота. BMC Genomics. 2009; 10: 1.

    Артикул

    Google ученый

  • 28.

    Цедер М.А. Одомашнивание и раннее земледелие в Средиземноморском бассейне: происхождение, распространение и влияние.Proc Natl Acad Sci. 2008; 105: 11597–604.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 29.

    Пикрелл Дж. К., Притчард Дж. К.. Вывод о популяционных расщеплениях и смесях на основе данных о частоте аллелей по всему геному. PLoS Genet. 2012; 8: e1002967.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 30.

    Mugerwa J, Christensen D, Ochetim S.Пастбищное поведение экзотического молочного скота в Уганде. Восточноафриканское сельское хозяйство Дж. 1973; 39: 1–11.

    Google ученый

  • 31.

    Мактавиш Э.Дж., Деккер Дж.Э., Шнабель Р.Д., Тейлор Дж.Ф., Хиллис Д.М. Родословная крупного рогатого скота Нового Света является результатом нескольких независимых событий приручения. Proc Natl Acad Sci. 2013; 110: E1398–406.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 32.

    Sabeti PC, Varilly P, Fry B, Lohmueller J, Hostetter E, Cotsapas C и др. Полногеномное обнаружение и характеристика положительного отбора в человеческих популяциях. Природа. 2007; 449: 913–8.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 33.

    Чен Х., Паттерсон Н., Райх Д. Дифференциация населения как тест для выборочного сканирования. Genome Res. 2010. 20: 393–402.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 34.

    Пикрелл Дж. К., Кооп Дж., Новембре Дж., Кударавалли С., Ли Дж. З., Абшер Д. и др. Сигналы недавнего положительного отбора во всемирной выборке человеческих популяций. Genome Res. 2009; 19: 826–37.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 35.

    Kalinowski S. Требуются ли полиморфные локусы больших размеров выборки для оценки генетических расстояний? Наследственность. 2005; 94: 33–6.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 36.

    Ли Х. Дж., Ким Дж., Ли Т, Сон Дж. К., Юн Х. Б., Пэк К. С. и др. Расшифровка генетической схемы, лежащей в основе белков молока голштинской породы и их производства. Genome Biol Evol. 2014; 6: 1366–74.

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 37.

    Кристьянсон П., Суоллоу Б.М., Роулендс Г., Круска Р., Де Лиу П. Измерение стоимости трипаносомоза африканских животных, потенциальные преимущества контроля и возвращение к исследованиям. Agric Syst.1999; 59: 79–98.

    Артикул

    Google ученый

  • 38.

    Geerts S, Holmes PH. Медикаментозное лечение и устойчивость к паразитам при трипаносомозе крупного рогатого скота в Африке (научно-техническая серия PAAT). Рим: Продовольственная и сельскохозяйственная организация Объединенных Наций; 1998.

    Google ученый

  • 39.

    Ролантс Г. Естественная устойчивость к африканскому трипаносомозу. Parasite Immunol.1986; 8: 1–10.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 40.

    Вилли Дж. Т., Чемелли Р. М., Синтон К. М., Янагисава М. Есть или спать? Орексин в регуляции кормления и бодрствования. Annu Rev Neurosci. 2001. 24: 429–58.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 41.

    Куни К., Яманака А., Намбу Т., Мацузаки И., Гото К., Сакураи Т. Орексины / гипокретины регулируют питьевое поведение.Brain Res. 1999; 842: 256–61.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 42.

    Sweet DC, Levine AS, Billington CJ, Kotz CM. Кормовая реакция на центральные орексины. Brain Res. 1999; 821: 535–8.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 43.

    Сакураи Т. Орексины и рецепторы орексина: влияние на пищевое поведение. Regul Pept. 1999; 85: 25–30.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 44.

    Стевердинг Д. История африканского трипаносомоза. Векторы паразитов. 2008; 1: 1–8.

    Артикул

    Google ученый

  • 45.

    Палинг Р., Молу С., Скотт Дж., Макодимба Ф., Энфри ЛЛХ, Мюррей М. и др. Восприимчивость крупного рогатого скота ндама и боран к первичным инфекциям и инфекциям, передающимся мухой цеце, с гомологичной серодемой Trypanosoma congolense. Parasite Immunol. 1991; 13: 413–25.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 46.

    Murray M, Trail J, D’Ieteren G. Трипанотолерантность крупного рогатого скота и перспективы борьбы с трипаносомозом путем селекции. Rev Sci Tech (Международное бюро эпизоотий). 1990; 9: 369.

    CAS
    Статья

    Google ученый

  • 47.

    Naessens J. Трипанотолерантность крупного рогатого скота: естественная способность предотвращать тяжелую анемию и гемофагоцитарный синдром? Int J Parasitol. 2006; 36: 521–8.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 48.

    Наессенс Дж., Тил А., Силегхем М. Идентификация механизмов естественной устойчивости крупного рогатого скота к африканскому трипаносомозу. Vet Immunol Immunopathol. 2002; 87: 187–94.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 49.

    Нойес Х., Брасс А, Обара И., Андерсон С., Арчибальд А.Л., Брэдли Д.Г. и др. Генетический анализ и анализ экспрессии крупного рогатого скота идентифицируют гены-кандидаты в путях ответа на инфекцию Trypanosoma congolense.Proc Natl Acad Sci. 2011; 108: 9304–9.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 50.

    Донован А., Лима, Калифорния, Пинкус Дж. Л., Пинкус Г. С., Зон Л. И., Робин С. и др. Экспортер железа ферропортин / Slc40a1 необходим для гомеостаза железа. Cell Metab. 2005; 1: 191–200.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 51.

    Стюарт Г.В. Стоматин.Int J Biochem Cell Biol. 1997; 29: 271–4.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 52.

    Сакамото Д., Кудо Х., Инохая К., Йокои Х., Нарита Т., Нарус К. и др. Мутация в гене дегидратазы δ-аминолевулиновой кислоты (ALAD) вызывает гипохромную анемию у медака. Oryzias latipes Mech Dev. 2004. 121: 747–52.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 53.

    Bouhassira EE, Schwartz RS, Yawata Y, Ata K, Kanzaki A, Qiu J, et al. Замена аланина на треонин в кДНК белка 4.2 связана с японской формой наследственной гемолитической анемии (белок 4.2 NIPPON). Кровь. 1992; 79: 1846–54.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 54.

    Доэрти Л., Шин М.Р., Влахос А., Чусмель В., О’Донохью М.-Ф., Клинтон С. и др. Гены рибосомных белков RPS10 и RPS26 обычно мутируют при анемии Даймонда-Блэкфана.Am J Hum Genet. 2010; 86: 222–8.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 55.

    Чае Х., Пак Дж., Ли С., Ким М., Ким Й., Ли Дж-В и др. Мутации рибосомных белков у корейских пациентов с анемией Даймонда-Блэкфана. Exp Mol Med. 2014; 46: e88.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 56.

    Gazda HT, Preti M, Sheen MR, O’Donohue MF, Vlachos A, Davies SM, et al.Мутация сдвига рамки в регуляторе p53 RPL26 ассоциирована с множественными физическими аномалиями и специфическим дефектом процессинга прерибосомной РНК при анемии diamond-blackfan. Hum Mutat. 2012; 33: 1037–44.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 57.

    Hall BS, Tam W, Sen R, Pereira ME. Клеточно-специфическая активация ядерного фактора-κB паразитом Trypanosoma cruzi способствует устойчивости к внутриклеточной инфекции.Mol Biol Cell. 2000; 11: 153–60.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 58.

    Барал Т.Н. Иммунобиология африканских трипаносом: необходимость альтернативных вмешательств. Biomed Res Int. 2010; 2010: 389153.

    Google ученый

  • 59.

    Даксбери Р., Садун Е., Веллде Б., Андерсон Дж., Муриити И. Иммунизация крупного рогатого скота облученными рентгеновскими лучами африканскими трипаносомами.Trans R Soc Trop Med Hyg. 1972: 66: 349–50.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 60.

    Силегхем М., Дарджи А., Хамерс Р., Де Бетселье П. Модуляция продукции ИЛ-1 и высвобождения ИЛ-1 во время экспериментальных трипаносомных инфекций. Иммунология. 1989; 68: 137.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 61.

    Ндуму Д., Баумунг Р., Вурцингер М., Друкер А., Окейо А., Семамбо Д. и др.Характеристики производительности и приспособленности в сравнении с фенотипическим внешним видом у африканского крупного рогатого скота Ankole Longhorn: новый подход к определению критериев отбора местных пород. Livest Sci. 2008. 113: 234–42.

    Артикул

    Google ученый

  • 62.

    Abitbol M, Legrand R, Tiret L. Миссенс-мутация рецептора меланокортина 1 связана с красным цветом шерсти у ослов. Anim Genet. 2014; 45: 878–80.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 63.

    Марклунд Л., Моллер М.Дж., Сандберг К., Андерссон Л. Миссенс-мутация в гене рецептора меланоцит-стимулирующего гормона (MCIR) связана с каштановым цветом шерсти у лошадей. Мамм Геном. 1996; 7: 895–9.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 64.

    Moller MJ, Chaudhary R, ​​Hellmen E, Höyheim B, Chowdhary B, Andersson L. Свиньи с доминантным фенотипом белого окраса шерсти несут дупликацию гена KIT, кодирующего рецептор фактора роста тучных / стволовых клеток.Мамм Геном. 1996; 7: 822–30.

    CAS
    Статья

    Google ученый

  • 65.

    Филипп У., Лупп Б., Мёмке С., Стейн В., Типольд А., Эйл Дж. К. и др. Мутация MITF, связанная с доминантным белым фенотипом и двусторонней глухотой у немецкого крупного рогатого скота Fleckvieh. PLoS One. 2011; 6: e28857.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 66.

    Йоханссон М., Эллегрен Х., Марклунд Л., Густавссон Ю., Рингмар-Седерберг Е., Андерссон К., Эдфорс-Лилья И., Андерссон Л.Ген доминантного белого окраса свиньи тесно связан с ALB и PDGFRA на 8 хромосоме. Genomics 1992; 14: 965–9.

  • 67.

    Лю Л., Харрис Б., Кихан М., Чжан Ю. Сканирование генома для определения степени белых пятен у молочного скота. Anim Genet. 2009; 40: 975–7.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 68.

    Glatzer S, Merten NJ, Dierks C, Wöhlke A, Philipp U, Distl O. Полиморфизм одного нуклеотида в гене интерферонового гамма-рецептора 2 полностью совпадает с опылением у крупного рогатого скота голштинской породы.PLoS One. 2013; 8: e67992.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 69.

    Жорж М., Дринкуотерз Р., Кингз Т., Мишра А., Муррез СС. Микросателлитное картирование гена, влияющего на развитие рогов у Bos taurus. Нат Жене. 1993; 4: 206–10.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 70.

    Голубь ВФ. Физиология роста рогов: изучение морфогенеза, взаимодействия тканей и эволюционных процессов рецессивного менделевского характера посредством трансплантации тканей.J Exp Zool. 1935; 69: 347–405.

    Артикул

    Google ученый

  • 71.

    Liu Z, Lavine KJ, Hung IH, Ornitz DM. FGF18 необходим для ранней пролиферации хондроцитов, гипертрофии и сосудистой инвазии пластинки роста. Dev Biol. 2007. 302: 80–91.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 72.

    Шимоака Т., Огасавара Т., Йонамин А., Чиказу Д., Кавано Х., Накамура К. и др.Регулирование функций остеобластов, хондроцитов и остеокластов фактором роста фибробластов (FGF) -18 по сравнению с FGF-2 и FGF-10. J Biol Chem. 2002; 277: 7493–500.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 73.

    Григсон К. Африканское происхождение африканского скота? — некоторые археологические свидетельства. Afr Archaeol Rev.1991; 9: 119–44.

    Артикул

    Google ученый

  • 74.

    Mason IL, Maule JP. Аборигенный скот востока и юга Африки, аборигенный скот востока и юга Африки. 1960.

    Google ученый

  • 75.

    Мартинес М., Мачадо М., Насименто С., Сильва М., Теодоро Р., Ферлонг Дж. И др. Ассоциация BoLA-DRB3. 2 аллеля с устойчивостью к клещу (Boophilus microplus) у крупного рогатого скота. Genet Mol Res. 2006; 5: 513–24.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 76.

    Spooner R, Leveziel H, Grosclaude F, Oliver R, Vaiman M. Доказательства возможного главного комплекса гистосовместимости (BLA) у крупного рогатого скота. Int J Immunogenet. 1978; 5: 335–46.

    Артикул

    Google ученый

  • 77.

    Тил А.Дж., Кемп С.Дж., Моррисон В.И. Главный комплекс гистосовместимости и устойчивость к болезням крупного рогатого скота. В: Оуэн Дж. Б., Axford RFE, редакторы. Селекция сельскохозяйственных животных на устойчивость к болезням. Уоллингфорд: CAB International; 1991 г.п. 162–86.

    Google ученый

  • 78.

    Hu Z-L, Park CA, Wu X-L, Reecy JM. QTLdb животных: улучшенный инструмент базы данных для распространения данных QTL / ассоциаций домашних животных в постгеномную эру. Nucleic Acids Res. 2013; 41: D871–9.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 79.

    Бекхэм Дж. Т., Макканос М. А., Крук С., Такахашл Т., О’Коннелл-Родвелл С., Контаг С. Н. и др.Оценка клеточного ответа на термическое лазерное повреждение с помощью биолюминесцентной визуализации белка теплового шока 70. Photochem Photobiol. 2004. 79: 76–85.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 80.

    Basiricò L, Morera P, Primi V, Lacetera N, Nardone A, Bernabucci U. Клеточная термотолерантность связана с генетическим полиморфизмом белка теплового шока 70.1 у лактирующих коров голштинской породы. Шапероны клеточного стресса. 2011; 16: 441–8.

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 81.

    Хансен П. Физиологические и клеточные адаптации крупного рогатого скота зебу к тепловому стрессу. Anim Reprod Sci. 2004; 82: 349–60.

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 82.

    Окадо-Мацумото А., Фридович И. Боковой амиотрофический склероз: предлагаемый механизм. Proc Natl Acad Sci. 2002; 99: 9010–4.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 83.

    Литтлджон М.Д., Хенти К.М., Типлади К., Джонсон Т., Харланд С., Лопделл Т. и др. Функционально реципрокные мутации сигнального пути пролактина определяют волосатый и гладкий рогатый скот. Nat Commun. 2014; 5: 5861.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 84.

    Чаркоудян Н.Кожный кровоток при терморегуляции взрослого человека: как работает, когда нет и почему. В: Труды клиники Мэйо. Эльзевир; 2003. 78: 603–612.

  • 85.

    Вонг Б.Дж., Уилкинс Б.В., Минсон, Коннектикут. Активация гистаминовых рецепторов h2, но не h3 способствует увеличению кровотока в коже во время нагревания всего тела у людей. J Physiol. 2004; 560: 941–8.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 86.

    Реге Дж. Состояние генетических ресурсов африканского крупного рогатого скота I. Структура классификации и идентификация исчезающих и находящихся под угрозой исчезновения пород. Animal Genet Resour Inf. 1999; 25: 1–25.

    Артикул

    Google ученый

  • 87.

    Li R, Fan W, Tian G, Zhu H, He L, Cai J, et al. Последовательность и сборка de novo генома гигантской панды. Природа. 2009; 463: 311–7.

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 88.

    Некрутенко А., Тейлор Дж. Интерпретация данных секвенирования нового поколения: повышение воспроизводимости и доступности. Nat Rev Genet. 2012; 13: 667–72.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 89.

    Браунинг СР, Браунинг БЛ. Быстрая и точная фазировка гаплотипов и вывод отсутствующих данных для исследований ассоциации всего генома с использованием локализованной кластеризации гаплотипов. Am J Hum Genet. 2007; 81: 1084.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 90.

    Granka JM, Henn BM, Gignoux CR, Kidd JM, Bustamante CD, Feldman MW. Ограниченные доказательства классических выборочных зачисток в африканских популяциях. Генетика. 2012; 192: 1049–64.

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 91.

    Teshima KM, Coop G, Przeworski M. Насколько надежны эмпирические геномные сканирования для выборочного сканирования? Genome Res. 2006; 16: 702–12.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 92.

    Томас П.Д., Кэмпбелл М.Дж., Кеджаривал А., Ми Х., Карлак Б., Даверман Р. и др. PANTHER: библиотека семейств и подсемейств белков, индексированных по функциям. Genome Res. 2003; 13: 2129–41.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 93.

    Hu Z-L, Reecy JM. Animal QTLdb: за пределами репозитория. Мамм Геном. 2007; 18: 1–4.

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 94.

    Ян Дж., Ли Ш., Годдард М.Э., Вишер П.М. GCTA: инструмент для анализа сложных признаков в масштабе всего генома. Am J Hum Genet. 2011; 88: 76.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 95.

    Перселл С., Нил Б., Тодд-Браун К., Томас Л., Феррейра М.А., Бендер Д. и др. PLINK: набор инструментов для анализа ассоциаций всего генома и популяционных связей. Am J Hum Genet. 2007. 81: 559–75.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 96.

    Эрл Д.А. STRUCTURE HARVESTER: веб-сайт и программа для визуализации выходных данных STRUCTURE и реализации метода Эванно. Conserv Genet Resour. 2012; 4: 359–61.

    Артикул

    Google ученый

  • 97.

    Данечек П., Аутон А., Абекасис Дж., Альберс КА, Бэнкс Е., ДеПристо М.А. и др. Вариант формата вызова и VCFtools. Биоинформатика. 2011; 27: 2156–8.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 98.

    Weir BS, Cockerham CC. Оценка F-статистики для анализа структуры населения. Эволюция. 1984; 38: 1358–70.

    Артикул

    Google ученый

  • КРС комплекс Гринч

    По сравнению с прошлой неделей, телята и годовики начали неделю в основном на 5.00-15.00 ниже, а затем с середины недели постепенно упали до 5.00, во многих случаях из-за легких поступлений.Покупатели продолжают быть очень осторожными, поскольку фьючерсы на кормовой и живой скот по-прежнему весят на рынках как свинцовый шар.

    На аукционах кормового скота на этой и прошлой неделе было много случаев, когда неотъемный, мясистый, полный, короткозернистый, бесцветный или просто простой скот выпадал из поля зрения рыночного отчета. Условия кормления становятся очень грязными и сложными, поскольку погода стала плохой, из-за проливных дождей и снега на Южных равнинах, Среднем Западе и Северных равнинах. Состояние откормочных площадок ухудшилось из-за разговоров о снижении веса, потере производительности и повышении стоимости прироста.

    За последние пару недель с резкими потерями на рынках кормового скота было куплено много кормового скота с идеей «если этот скот не будет приносить деньги, ничего не будет», все еще очень вероятно, что кормушки уйдут. понизьте, прежде чем они все еще будут зарабатывать деньги. Отсутствие поддержки на прошлой неделе развеяло любые надежды на восстановление поддержки покупателей или интереса к кормушкам в начале недели.

    Рынок продолжает снижаться на небольших новостях и, похоже, доволен этим.Весь животноводческий комплекс, кажется, измучил свой прием, поскольку мы приближаемся к концу 2015 года со всей его нестабильностью на фьючерсных и денежных рынках. С наступлением декабря он превратился в «Гринча, укравшего Рождество», и с ранней осени он не очень веселый; Для большинства скотоводов весна не может наступить достаточно скоро.

    Отчет

    Крупный рогатый скот в кормах был выпущен в пятницу днем ​​с приятными новостями с точки зрения более легких, чем ожидалось, размещений в ноябре. Поскольку в пятницу фьючерсы на крупный рогатый скот превысили лимит, быки, похоже, ожидали хороших новостей.На кормовой скот приходилось 99,8%; Размещение на уровне 89,2 процента и размещение на рынке 103,9 процента. Объем аукциона включал 45 процентов более 600 фунтов и 40 процентов телок.

    Источник: Drovers CattleNetwork

    Рост спроса на животноводческий комплекс — Beef2Live

    Сила спроса наблюдается в животноводческом комплексе

    До сих пор в 2017 году большая часть площадей под озимой пшеницей в США находилась в условиях умеренной или более интенсивной засухи, чем в 2016 году.Наряду с более низкими ценами на пшеницу, ситуация, вероятно, дает производителям возможность выпасать пшеничные пастбища в качестве фона. По мере увеличения спроса на телят для выпаса на этих территориях, цены на телят с меньшим весом могут найти поддержку. Однако время перемещения этих телят с пастбищ на откормочные участки, вероятно, повлияет как на уровень размещения, так и на цену телят с более тяжелым весом в ближайшие месяцы.

    Цены на кормовой и откормочный скот поддерживались относительно высоким спросом в течение первого квартала, но спрос на упаковщиков, вероятно, снизился из-за снижения рентабельности из-за снижения оптовых цен.Сроки продажи говядины перед сезоном жарки на гриле могут повлиять на спрос упаковщиков в течение квартала, но убой бычков и телок во втором квартале, вероятно, будет отражать маркетинг большого количества крупного рогатого скота, помещенного на корм в конце 2016 года. Еженедельные весы разделки для крупного рогатого скота в марте были немного выше, чем ожидалось ранее, а масса туш во втором квартале была увеличена, что помогло поддержать повышенный прогноз товарного производства говядины в первой половине 2017 года.

    К концу первого квартала цены на оптовую продажу говядины выросли; тем не менее, это неудивительно, учитывая тенденцию к росту говядины Choice и Select в преддверии весеннего сезона гриля, когда рынок переходит от более дешевых концевых отрубов к более дорогим средним отрубам.Еженедельные данные по разделке говядины в упаковке (отчет USDA AMS LM_XB459) показывают, что значения ограничения выбора выросли с минимума середины февраля в 188,93 долларов США до 223,12 долларов США за центнер 24 марта, при этом значения вырезки Select также значительно выросли за этот период. Однако оптовые цены на говядину снизились с последней недели марта.

    Прирост показателей вырезки из говядины в коробках в конце марта является результатом значительного прироста средней части говядины (т. Е. Отрубов из ребер и филейной части). Тем не менее, в конце марта цены на упакованную говядину начали демонстрировать признаки снижения, что привело к снижению маржи упаковщиков и, вероятно, к снижению цен на скот на откорме.Средневзвешенная цена на быка с пятью участками в первом квартале составила 122,96 доллара за центнер. Еженедельная взвешенная цена на бычков с пятью зонами снизилась с 127,38 долларов США в последнюю неделю марта до 124,33 долларов США за центнер в начале апреля. Упаковщики говядины, похоже, сдерживают недавнее повышение цен на откормленный скот. Цены на бычье мясо ФРС достигли 132 долларов за центнер в третью неделю марта, а затем снизились до 124 долларов за центнер в первую неделю апреля. Цены на крупный рогатый скот ФРС во втором квартале прогнозируются в среднем на уровне 117–121 долларов США за цезарь, что обусловлено большими запасами крупного рогатого скота, доступного для убоя с размещения откормочных площадок в конце 2016 и начале 2017 года.

    Предполагаемый объем еженедельного убоя коров, прошедший федеральную инспекцию, в первом квартале вырос примерно на 5 процентов по сравнению с тем же периодом 2016 года. Убой мясных коров почти на 10 процентов выше по сравнению с аналогичным периодом прошлого года. Однако доля забоя коров в поголовье мясных коров на 1 января лишь немного выше, чем в 2016 году, но ниже среднего показателя за 2012-2016 годы, период, который включал ликвидацию из-за засухи. Цены на коров-разделителей в первом квартале оценивались в 62,63 доллара за ц, а цены на оставшиеся кварталы 2017 года, вероятно, будут выше.Во втором квартале цены на разделочную корову составят в среднем 63-66 долларов за ц.

    Слабость свиного рынка привлекает внимание животноводческого комплекса

    Крупный рогатый скот: вероятность снижения фьючерсов: смешанная сумма в реальном времени 135 долларов.37 +0,19

    Hogs: Lower Futures: Low Lean Equiv $ 104,73 + 0,68 **

    * на основе формулы оценки валового дохода упаковщика в эквиваленте живого крупного рогатого скота

    ** на основе формулы оценки эквивалента постного свиного валового дохода упаковщика

    Общие Комментарии:

    Торговля скотом за наличный расчет, как правило, осуществляется в большинстве районов с ограниченными разрозненными продажами, о которых сообщалось в четверг. В пятницу днем ​​может быть дополнительная сделка по очистке, но большая часть необходимой сделки уже совершена.В случае серьезного сюрприза в дневном отчете «Крупный рогатый скот на корма» можно будет увидеть некоторые дополнительные дела, но по большей части ожидается, что торговля за наличные останется на уровне около 105–106 долларов в реальном времени и от 164 до 166 долларов за цента разделки. Как правило, это будет на 2–4 доллара за центнер ниже, чем в среднем на прошлой неделе, что может вызвать дополнительную потенциальную слабость рынка в предстоящие недели. Несмотря на небольшой рост цен на упакованную говядину в четверг во второй половине дня, основная динамика животноводческого комплекса остается слабой: на рынках живого крупного рогатого скота к вечеру в четверг по-прежнему отмечаются твердые трехзначные потери, поскольку по всему комплексу сохраняются опасения по поводу дальнейшей ликвидации.Декабрьские фьючерсы спот торгуются на самых низких ценовых уровнях с июня, при этом цены приблизились к уровням поддержки в 102,05 доллара за центнер, что также будет представлять собой июньские минимумы. Это переместит цены к пятимесячным минимумам с ограниченным построением базовой поддержки в комплексе на данный момент. Трейдеры по-прежнему пристально следят за предстоящим отчетом «Крупный рогатый скот на кормах» в пятницу во второй половине дня, при этом предполагаемое размещение ожидается на 2,5% выше уровня прошлого года, в то время как общее количество крупного рогатого скота на кормах, как ожидается, вырастет на 3,5% по сравнению с уровнями годичной давности.Ожидается, что на данный момент медвежий отчет вызовет большее беспокойство для рынка, учитывая текущее слабое состояние всего животноводческого комплекса.

    Резкие потери фьючерсов на постную свинью в четверг создали дополнительную широко распространенную слабость в комплексе. Декабрьские контракты показали предельные убытки в размере 3 долларов за центнер, поскольку трейдеры быстро и агрессивно отступили от комплекса, что позволило не только ценам перейти к начальным уровням поддержки, но и расширить торговые лимиты на всю сложную пятницу. Это может нанести значительный и долгосрочный ущерб всему комплексу постных свиней, поскольку трейдеры сосредотачиваются на все еще агрессивных поставках свиней и неопределенности роста спроса в ближайшие месяцы.Отсутствие активных покупок в Китае в последних двух еженедельных отчетах об экспортных продажах в сочетании с опасениями по поводу того, что мировой экспорт свинины может по-прежнему испытывать трудности с получением постоянной поддержки, может усилить давление на комплекс. В опубликованном в четверг отчете о холодных хранилищах было показано, что общие запасы свинины не изменились с уровнями сентября, но упали на 28% по сравнению с прошлым годом. Текущие активные объемы закупок и обработки потребуются для поддержания текущего уровня предложения. Ожидается, что цены на свиней за наличные будут на 1 доллар ниже и на 1 доллар выше, при этом большинство заявок ожидается на 1 доллар ниже.Убойная пятница ожидается на уровне 484 000 голов. Субботние забеги ожидаются на 239 000 голов.

    СТОРОНА БЫКА МЕДВЕДЬ
    1)

    Фьючерсы на кормовой скот продолжают защищать долгосрочные уровни поддержки около 130 долларов за ц. Способность удерживать цены выше этих ценовых уровней в течение следующих двух недель — лучший шанс для животноводческого комплекса получить поддержку покупателей и возобновить активный интерес к комплексу.

    1)

    Фьючерсы на живой рогатый скот в июне тестируют долгосрочные уровни сопротивления, движение ниже $ 102,50 за центнер, вероятно, вызовет возобновление и агрессивную ликвидацию до конца недели.

    2)

    Трейдеры будут внимательно следить за дневным отчетом «Крупный рогатый скот на кормах», уделяя особое внимание активному маркетингу в течение сентября и уделяя больше внимания способности избавиться от любого отставания в поголовье скота, которое все еще существует с весны. и сокращение летней обработки.

    2)

    За дневным отчетом «Крупный рогатый скот на кормах» в пятницу после обеда будут внимательно следить трейдеры, ищущие умеренный прирост в размещении и количестве кормов. Ожидается, что итоги отчетов, превышающие предварительные оценки, окажут негативное влияние на торговлю в начале следующей недели.

    3)

    Ожидается продолжение краткосрочной и долгосрочной поддержки цен на вырезку свинины, несмотря на широкие сдвиги в торговле фьючерсами. Это будет по-прежнему сосредоточено на способности убирать запасы свинины в праздничный сезон.

    3)

    Декабрьские фьючерсы на постную свинью резко упали в четверг, остановившись только на торговых лимитах в 3 доллара за цент. Это позволит расширить торговые лимиты на весь комплекс постных свиней в размере 4,50 долл. США за центнер, что вызовет серьезные опасения по поводу дальнейшей слабости рынка в конце недели.

    4)

    Несмотря на резкие потери ближайших контрактов за последние пару дней, отсроченные фьючерсы остаются чрезвычайно устойчивыми.Это приводит к тому, что премии по контрактам летом 2021 года снова увеличиваются, поскольку трейдеры продолжают уделять внимание сокращению поставок свиней в ближайшие месяцы.

    4)

    Цены на свинину за наличные показали агрессивные трехзначные убытки. Упаковщики, похоже, имеют доступ к необходимым основным запасам до конца недели, поскольку они корректируют ставки ниже, чтобы соответствовать недавним изменениям в торговле фьючерсами. Это может еще больше ослабить весь комплекс постных свиней в течение следующих нескольких дней.

    Рик Кмент можно связаться с Риком[email protected]

    (c) Copyright 2020 DTN, LLC. Все права защищены.

    Полногеномное секвенирование 234 быков облегчает картирование моногенных и сложных признаков у крупного рогатого скота

  • 1

    Далтон Р. Нет быка: гены для лучшего молока. Природа 457 , 369 (2009).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 2

    Meuwissen, T.И Годдард М. Точное предсказание генетических значений сложных признаков с помощью полногеномного ресеквенирования. Генетика 185 , 623–631 (2010).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 3

    Druet, T., Macleod, I.M. & Hayes, B.J. К геномному предсказанию на основе данных полногеномной последовательности: влияние дизайна секвенирования на определение генотипа и точность прогнозов. Наследственность 112 , 39–47 (2014).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 4

    Cole, J.B. et al. Распределение и локализация генетических эффектов молочных признаков. J. Dairy Sci. 92 , 2931–2946 (2009).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 5

    Консорциум HapMap для крупного рогатого скота. Полногеномное исследование вариаций SNP раскрывает генетическую структуру пород крупного рогатого скота. Наука 324 , 528–532 (2009).

  • 6

    Бойчард, Д., Майнель, Л. и Верриер, Э. Ценность использования вероятностей происхождения гена для измерения генетической изменчивости в популяции. Genet. Sel. Evol. 29 , 5–23 (1997).

    Артикул
    PubMed Central

    Google ученый

  • 7

    Bentley, D.R. и другие. Точное секвенирование всего генома человека с использованием химии обратимых терминаторов. Nature 456 , 53–59 (2008).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 8

    Зимин А.В. и другие. Полногеномная сборка домашней коровы, Bos taurus . Genome Biol. 10 , R42 (2009).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 9

    Li, H.И Дурбин, Р. Быстрое и точное согласование краткого считывания с преобразованием Барроуза-Уиллера. Биоинформатика 25 , 1754–1760 (2009).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 10

    Li, H. et al. Формат Sequence Alignment / Map и SAMtools. Биоинформатика 25 , 2078–2079 (2009).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 11

    Браунинг, Б.Л. и Браунинг, С. Единый подход к вменению генотипа и выводу фазы гаплотипа для больших наборов данных о троих и неродственных лицах. г. J. Hum. Genet. 84 , 210–223 (2009).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 12

    Pausch, H. et al. Полногеномное ассоциативное исследование определяет два основных локуса, влияющих на легкость отела и связанные с ростом признаки у крупного рогатого скота. Генетика 187 , 289–297 (2011).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 13

    Grant, J.R., Arantes, A.S., Liao, X. & Stothard, P. Подробная аннотация SNP, возникающих в проектах повторного упорядочивания с использованием NGS-SNP. Биоинформатика 27 , 2300–2301 (2011).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 14

    Фудзимото, А.и другие. Полногеномное секвенирование и всесторонний анализ вариантов японского человека с использованием массового параллельного секвенирования. Nat. Genet. 42 , 931–936 (2010).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 15

    Kumar, P., Henikoff, S. & Ng, P.C. Прогнозирование влияния кодирования несинонимичных вариантов на функцию белка с использованием алгоритма SIFT. Nat. Protoc. 4 , 1073–1081 (2009).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 16

    Шустер Д.Э., Керли М.Э., Аккерманн М.Р. и Гилберт Р.О. Выявление и распространенность генетического дефекта, вызывающего дефицит адгезии лейкоцитов у крупного рогатого скота голштинской породы. Proc. Natl. Акад. Sci. США 89 , 9225–9229 (1992).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 17

    Хейс, Б.Дж., Левин, Х.А. И Годдард М.Е. Будущее животноводства: геномный отбор для повышения эффективности, снижение интенсивности выбросов и адаптация. Trends Genet. 29 , 206–214 (2013).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 18

    Хегарти, Р.С., Олкок, Д., Робинсон, Д.Л., Гупи, Дж. П. и Верко, П. Э. Варианты кормления и содержания стада для снижения выхода метана и метана на единицу продукции от овцеводческих хозяйств. Anim. Prod. Sci. 50 , 1026–1033 (2010).

    Артикул
    CAS

    Google ученый

  • 19

    VanRaden, P.M., Olson, K.M., Null, D.J. & Hutchison, J.L. Вредные рецессивные эффекты на фертильность обнаруживаются по отсутствию гомозиготных гаплотипов. J. Dairy Sci. 94 , 6153–6161 (2011).

    Артикул
    CAS

    Google ученый

  • 20

    Струнников, А.V., Hogan, E. & Koshland, D. SMC2 , ген Saccharomyces cerevisiae , необходимый для сегрегации и конденсации хромосом, определяет подгруппу в семействе SMC. Genes Dev. 9 , 587–599 (1995).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 21

    Freeman, L., Aragon-Alcaide, L. & Strunnikov, A. Конденсиновый комплекс управляет конденсацией хромосом и митотической передачей рДНК. J. Cell Biol. 149 , 811–824 (2000).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 22

    Vagnarelli, P. et al. Конденсин и Repo-Man-PP1 взаимодействуют в регуляции архитектуры хромосом во время митоза. Nat. Cell Biol. 8 , 1133–1142 (2006).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 23

    Хадсон, Д.Ф., Маршалл К. И Эрншоу, W.C. Конденсин: архитектор митотических хромосом. Chromosome Res. 17 , 131–144 (2009).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 24

    Hudson, D.F., Vagnarelli, P., Gassmann, R. & Earnshaw, W.C. Конденсин необходим для сборки негистоновых белков и структурной целостности митотических хромосом позвоночных. Dev. Ячейка 5 , 323–336 (2003).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 25

    Stray, J.E., Crisona, N.J., Белоцерковский, Б.П., Линдсли, J.E., Cozzarelli, N.R. Конденсин Saccharomyces cerevisiae Smc2 / 4 компактирует ДНК в (+) хиральные структуры без общей суперспирализации. J. Biol. Chem. 280 , 34723–34734 (2005).

    Артикул
    CAS

    Google ученый

  • 26

    Сиддики, Н.U., Stronghill, P.E., Dengler, R.E., Hasenkampf, C.A. И Риггс, К. Мутации в генах конденсина Arabidopsis нарушают эмбриогенез, организацию меристемы и сегрегацию гомологичных хромосом во время мейоза. Разработка 130 , 3283–3295 (2003).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 27

    Агерхольм, Дж. С., Бендиксен, К., Андерсен, О., Арнбьерг, Дж. Сложный порок развития позвоночника у телят голштинской породы. J. Vet. Диаг. Инвестировать. 13 , 283–289 (2001).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 28

    Годфри М. и др. Ахондрогенез-гипохондрогенез II типа: морфологические и иммуногистопатологические исследования. г. J. Hum. Genet. 43 , 894–903 (1988).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 29

    Виссинг, Х.и другие. Замена глицина на серин в тройном спиральном домене коллагена про-α1 (II) приводит к летальной перинатальной форме карликовости с короткими конечностями. J. Biol. Chem. 264 , 18265–18267 (1989).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 30

    Mortier, G.R. и другие. Рентгенологический, морфологический, биохимический и молекулярный анализ случая ахондрогенеза II типа, возникшего в результате замены остатка глицина (Gly691 → Arg) в тримере коллагена II типа. Гум. Мол. Genet. 4 , 285–288 (1995).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 31

    Bonaventure, J. et al. Замена аспарагиновой кислоты на глицин в положении 310 в коллагене типа II вызывает ахондрогенез II, а замена серина в положении 805 вызывает гипохондрогенез: анализ взаимосвязи генотип-фенотип. Biochem. J. 307 , 823–830 (1995).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 32

    Körkkö, J., Cohn, D.H., Ala-Kokko, L., Krakow, D. & Prockop, D.J. Широко распространенные мутации в гене COL2A1 вызывают ахондрогенез II типа / гипохондрогенез. г. J. Med. Genet. 92 , 95–100 (2000).

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 33

    Agerholm, J.С., Арнбьерг, Дж. И Андерсен, О. Семейная хондродисплазия у телят голштинской породы. J. Vet. Диаг. Инвестировать. 16 , 293–298 (2004).

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 34

    Howie, B.N., Donnelly, P. & Marchini, J. Гибкий и точный метод вменения генотипа для следующего поколения полногеномных исследований ассоциаций. PLoS Genet. 5 , e1000529 (2009).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 35

    Гризар, Б.и другие. Генетическое и функциональное подтверждение причинности нуклеотида DGAT1 K232A количественного признака в влиянии на удои и состав молока. Proc. Natl. Акад. Sci. США 101 , 2398–2403 (2004).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 36

    Гаспарин Г. и др. Картирование локусов количественных признаков, контролирующих устойчивость клещей [ Riphicephalus ( Boophilus ) microplus ] на хромосомах 5, 7 и 14 крупного рогатого скота. Anim. Genet. 38 , 453–459 (2007).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 37

    Martinez, M.L. и другие. Ассоциация аллелей BoLA-DRB3.2 с устойчивостью к клещу ( Boophilus microplus ) у крупного рогатого скота. Genet. Мол. Res. 5 , 513–524 (2006).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 38

    Аджубей, И.A. et al. Метод и сервер для предсказания повреждающих миссенс-мутаций. Nat. Методы 7 , 248–249 (2010).

    CAS
    Статья

    Google ученый

  • 39

    Tanaka, S. et al. Мутации в мотиве терминации спирали кератиновых генов IRS мыши типа I нарушают сборку кератинового промежуточного филамента. Genomics 90 , 703–711 (2007).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 40

    Портер Р.M. et al. Функциональный анализ кератиновых компонентов внутренней корневой оболочки волосяного фолликула мыши. руб. J. Dermatol. 150 , 195–204 (2004).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 41

    Cadieu, E. et al. Вариация шерсти домашней собаки определяется вариантами трех генов. Наука 326 , 150–153 (2009).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 42

    Рункель, Ф.и другие. Морфологическая и молекулярная характеристика двух новых мутаций Krt71 ( Krt2-6g ): Krt71 rco12 и Krt71 rco13 . Мамм. Геном 17 , 1172–1182 (2006).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 43

    Grisart, B. et al. Позиционное клонирование кандидата QTL у молочного скота: идентификация миссенс-мутации в гене DGAT1 крупного рогатого скота с основным влиянием на удои и состав молока. Genome Res. 12 , 222–231 (2002).

    Артикул
    CAS

    Google ученый

  • 44

    Winter, A. et al. Ассоциация полиморфизма лизина-232 / аланина в гене крупного рогатого скота, кодирующем ацил-КоА: диацилглицерин ацилтрансферазу ( DGAT1 ), с изменением локуса количественного признака содержания молочного жира. Proc. Natl. Акад. Sci. США 99 , 9300–9305 (2002).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 45

    Бионаз, М.И Лоор, Дж. Дж. ACSL1 , AGPAT6 , FABP3 , LPIN1 и SLC27A6 являются наиболее распространенными изоформами в ткани молочной железы крупного рогатого скота, и их экспрессия зависит от стадии лактации. J. Nutr. 138 , 1019–1024 (2008).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 46

    Wang, X. et al. Идентификация и анализ четырех основных QTL, влияющих на содержание жира в молоке у немецкой голштино-фризской популяции. PLoS ONE 7 , e40711 (2012).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 47

    Консорциум проекта 1000 Genomes. Карта вариаций генома человека по результатам секвенирования в масштабе популяции. Природа 467 , 1061–1073 (2010).

  • 48

    Mackay, T.F.C. и другие. Drosophila melanogaster Генетическая справочная панель. Природа 482 , 173–178 (2012).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 49

    Finlay, E.K. и другие. Байесовский вывод о росте популяции домашнего крупного рогатого скота. Biol. Lett. 3 , 449–452 (2007).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 50

    MacLeod, I.M., Meuwissen, T.H.E., Hayes, B.J. & Goddard, M.E. Новый предиктор гомозиготности по мультилокусным гаплотипам: сравнение с существующими предикторами. Genet. Res. (Камб.) 91 , 413–426 (2009).

    Артикул
    CAS

    Google ученый

  • 51

    MacEachern, S., Hayes, B., McEwan, J. & Goddard, M. Изучение положительного отбора и изменение эффективного размера популяции в популяциях крупного рогатого скота ангусов и голштинцев ( Bos taurus ) с использованием высокой плотности Платформа генотипирования SNP и вклад древнего полиморфизма в геномное разнообразие домашнего скота. BMC Genomics 10 , 181 (2009).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 52

    Бойчард Д. и Брошард М. Новые фенотипы для новых целей селекции молочного скота. Животное 6 , 544–550 (2012).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 53

    Flicek, P. et al. Ансамбль 2012. Nucleic Acids Res. 40 , D84 – D90 (2012).

    Артикул
    CAS

    Google ученый

  • 54

    Координаторы ресурсов NCBI. Ресурсы базы данных Национального центра биотехнологической информации. Nucleic Acids Res. 41 , D8 – D20 (2013).

  • 55

    Консорциум UniProt. Текущие и будущие разработки Universal Protein Resource. Nucleic Acids Res. 39 , D214 – D219 (2011).

  • 56

    Druet, T. & Georges, M. Скрытая марковская модель, объединяющая информацию о сцеплении и неравновесном сцеплении для реконструкции гаплотипа и точного картирования количественных признаков локуса. Генетика 184 , 789–798 (2010).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 57

    Томпсон, Дж. Д., Гибсон, Т. Дж. И Хиггинс, Д. Множественное выравнивание последовательностей с использованием ClustalW и ClustalX. Curr. Protoc. Биоинформатика Глава 2, Раздел 2.3 (2002).

  • 58

    Розен, С. & Скалецкий, Х. Primer3 в WWW для обычных пользователей и программистов-биологов. Methods Mol. Биол. 132 , 365–386 (2000).

    CAS

    Google ученый

  • 59

    Weckx, S. et al. novoSNP, новый вычислительный инструмент для обнаружения вариаций последовательностей. Genome Res. 15 , 436–442 (2005).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 60

    Howie, B., Fuchsberger, C., Stephens, M., Marchini, J. & Abecasis, G.R. Быстрое и точное вменение генотипа в полногеномных ассоциативных исследованиях за счет предварительной фазы. Nat. Genet. 44 , 955–959 (2012).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 61

    Пауш, Х.и другие. Вменение генотипов высокой плотности в поголовье крупного рогатого скота Fleckvieh. Genet. Sel. Evol. 45 , 3 (2013).

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 62

    Канг, Х.М. и другие. Компонентная модель дисперсии для учета структуры выборки в полногеномных ассоциативных исследованиях. Nat. Genet. 42 , 348–354 (2010).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 63

    Хейс, Б.Дж., Боуман, П.Дж., Чемберлен, А.Дж., Вербила, К.Л. & Годдард, М.Е.Точность геномной племенной ценности в многопородных популяциях молочного скота. Genet. Sel. Evol. 41 , 51 (2009).

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 64

    VanRaden, P.

  • Related posts

    Latest posts

    Leave a Comment

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *